Un frate domenicano del convento di s. Marco di Firenze, Domenico Guerrucci, decise di ritirarsi a vita contemplativa in una boscaglia di lecci, che si estendeva sui poggi tra Malmantile e Lastra. Il 12 settembre 1473 lasciò Firenze, accompagnato da un confratello. E ottenuta dal comune di Gangalandi (antica comunità di Lastra) la donazione di quattro staia di terreno, con la collaborazione di due muratori locali, iniziò la costruzione di un modesto oratorio e di un piccolo romitorio, costituito da camera e studio.
Due anni dopo il Guerrucci fondò l’attuale chiesa, che ebbe il titolo di s. Maria a Lecceto. La rendita di una vigna, donata al frate dal mercante fiorentino Piero Del Pugliese consentì l’avvio della costruzione della chiesa. Verso la fine del 1477, per motivi sconosciuti, il Del Pugliese abbandonò la commissione e gli subentrò Filippo Strozzi che portò a termine la costruzione della chiesa e di buona parte del conventino annesso.
Lo stemma della famiglia Strozzi, con i tre crescenti, la ritroviamo sulla facciata e all’interno della chiesa, sulle facciate nord e ovest del convento, sull’architrave del pozzo nel chiostro e sul portale in pietra all’ingresso del refettorio. Nella cornice della trabeazione della chiesa è stata dipinta l’iscrizione dedicatoria: VIRGINI GENITRICI PHILIPPUS STROZZA SUI IN SALUTEM CONDIDIT.
Nel 1810 Lecceto fu soppresso dal governo napoleonico anche se gli Strozzi rimasero proprietari dell’immobile. Nel 1876 l’Arcivescovo di Firenze Eugenio Cecconi lo acquistò per destinarlo a soggiorno estivo del seminario maggiore. Da questo momento Lecceto è ricordato come la “Villa del Seminario” e fin dall’estate dello stesso 1876 vi furono ospitati i giovani seminaristi. Nel 1877 iniziarono i lavori di ampliamento e di ristrutturazione che si conclusero nel 1882. L’edificio aveva così assunto l’aspetto grandioso che lo caratterizza. A partire dai primi anni settanta del xx° secolo l’edificio è stato sottoposto ad un radicale restauro.
Oggi è adibito a Casa di Spiritualità (esente C.I.N.), per esercizi spirituali, incontri formativi, ecc. La casa di spiritualità è intitolata al Venerabile Cardinale Elia dalla Costa.